Giống như nhiều người ủng hộ chủ nghĩa cộng hoà, Franklin nhấn mạnh rằng nền cộng hòa mới chỉ có thể tồn tại nếu người dân đạo đức theo nghĩa phải chú trọng tới trách nhiệm công dân và từ chối tham nhũng. Thực vậy trong cả cuộc đời, ông luôn suy xét về vai trò công dân và đạo đức cá nhân, như được thể hiện trong những câu cách ngôn ở cuốn Poor Richard's.

Dù cha mẹ Franklin đã muốn ông làm việc trong nhà thờ, Franklin đã trở nên mất lòng tin vào tôn giáo có tổ chức sau khi khám phá thần luận. "Tôi nhanh chóng trở thành một người hoàn toàn theo thần luận."[27] Ông tiến tới tấn công các nguyên tắc Thiên chúa giáo về tự do nguyện vọng và đạo đức trong một cuốn sách nhỏ năm 1725, Một bàn luận về Tự do và Sự cần thiết, Sự khoái lạc và Nỗi đau.[28] Ông kiên định tấn công các giáo điều tôn giáo, cho rằng đạo đức phụ thuộc nhiều hơn ở đức hạnh và các hành động nhân từ chứ không phải ở sự tuân thủ chặt chẽ các giáo điều chính thống tôn giáo: "Tôi cho rằng các quan điểm phải được xem xét theo những ảnh hưởng và hiệu quả của chúng; và nếu một người không có khuynh hướng nào khiến anh ta trở nên giảm đức hạnh hay tăng trách nhiệm công dân, thì có thể kết luận rằng anh ta không có điều gì nguy hiểm và đó là trường hợp tôi muốn mình được gán vào."[29]

Năm 1790, chỉ khoảng một tháng trước khi qua đời, Franklin đã viết bức thư sau cho Ezra Stiles, hiệu trưởng trường Yale, người đã hỏi ông về các quan điểm tôn giáo của mình...:

“ Về Giêsu xứ Nazareth, ý kiến của tôi về người ông ngưỡng mộ nhất, tôi nghĩ Hệ thống Đạo đức và Tôn giáo của ông ta, như ông ta để lại cho chúng ta hiện nay, là hệ thống tốt nhất thế giới từng biết hay có vẻ đã biết; nhưng tôi hiểu rõ nó đã phải chịu nhiều sự thay đổi sai lạc, và tôi có, cùng với đa số những người dị giáo tại Anh quốc, một số Nghi ngờ về thân phận thần thánh của ông ta; dù đó là một vấn đề tôi không dám võ đoán, chưa bao giờ nghiên cứu, và tôi nghĩ không cần thiết phải bận tâm tới việc đó ở thời điểm hiện tại, khi tôi chờ đợi một Cơ hội hiểu biết Sự thật với ít Cố gắng hơn...."[30] ”

— Carl Van Doren   

Như mọi trí thức Thời đại Khai sáng, Franklin chia tách giữa đức hạnh, đạo đức và niềm tin khỏi tôn giáo có tổ chức, dù ông cảm thấy rằng nếu tôn giáo nói chung suy tàn đi, đạo đức, đức hạnh và xã hội nói chung cũng sẽ suy tàn. Vì thế ông đã viết cho Thomas Paine, "Nếu con người không còn quan tâm tới tôn giáo, họ sẽ trở thành cái gì nếu không có nó." Theo David Morgan,[31] Franklin là một người đề xướng mọi tôn giáo. Ông đã cầu nguyện cho "Chúa quyền năng" và coi Chúa là "VÔ HẠN." John Adams lưu ý rằng Franklin là một tấm gương phản chiếu hình ảnh mọi người nhìn thấy trong tôn giáo của mình: "Cơ đốc giáo cho ông hầu như là một tín đồ Cơ đốc. Nhà thờ Anh tuyên bố ông là tín đồ của họ. Giáo hội trưởng lão cho ông cũng có một nửa niềm tin của mình, và những người bạn cho rằng ông là một người theo phái Quaker." Dù Benjamin Franklin có là tín đồ của ai chăng nữa, Morgan kết luận, "ông là một nhà vô địch thực sự của tôn giáo loài người." Ben Frankin được cho là "tinh thần của Thời đại khai sáng".

Walter Isaacson cho rằng[32] Franklin đã cảm thấy không thoải mái với một kiểu không đề cao của Thần luận và quay sang với quan niệm của riêng mình về Đấng sáng tạo. Franklin đã phác họa quan niệm của ông về Thần thánh năm 1728, trong cuốn "Những bài viết về Niếm tin và Hoạt động của Tôn giáo" [33]. Từ đó, Isaacson so sánh quan niệm của Franklin về thần thánh với những quan niệm đó của những người theo Thần luận nghiêm ngặt và Tín đồ Thiên chúa giáo. Isaacson kết luận rằng không giống đa số người theo thần luận thuần túy khác, Franklin tin rằng một niềm tin vào Chúa sẽ truyền cho những hoạt động thường ngày của chúng ta, nhưng cái đó, như những người theo thần luận khác, niềm tin của ông không có giáo điều bè phái. Isaacson cũng cho rằng quan niệm của Franklin rằng Chúa đã tạo ra các loài và can thiệp vào những sự kiện trên thế giới— một điểm dẫn tới việc một số nhà bình luận, nổi tiếng nhất là A. Owen Aldridge, coi Franklin là tín đồ theo nhiều cách của đa thần giáo, với một nhóm các vị thần thấp hơn giám sát các vương quốc và các hành tinh.

Ngày 4 tháng 7 năm 1776, Đại hội chỉ định một hội đồng gồm cả Benjamin Franklin, Thomas Jefferson, và John Adams để thiết kế Con dấu Hoa Kỳ. Skousen[34] đã tóm tắt quá trình ủy ban này thiết kế và phê chuẩn bản thiết kế đầu tiên của con dấu (nhưng cuối cùng không được phê chuẩn). Mỗi thành viên hội đồng đề xuất một thiết kế riêng: đề nghị của Franklin là thiết kế với khẩu hiệu: "Sự kháng cự với Bạo chúa là Sự tuân phục tùng với Chúa". Thiết kế này thể hiện một cảnh từ cuốn sách Exodus, cùng với Moses, những người dân Israel, cột lửa, và George III được thể hiện như một Pharaông [35].

Tại Hội nghị Hiến pháp năm 1787, khi hội nghị dường như sắp đi tới một thảm họa vì những cuộc tranh luận, Franklin già cả đã kể về lòng tin của ông về một vị thần phụ trách riêng về công việc của con người bằng cách đòi hỏi mọi người bắt đầu mỗi ngày bằng những lời cầu nguyện. Franklin kể lại những ngày Chiến tranh Cách mạng, khi các lãnh đạo Mỹ cùng nhau cầu nguyện hàng ngày, tìm kiếm sự "hướng dẫn thần thánh" từ vị "Cha của ánh sáng." Sau đó ông hỏi, "Và có phải hiện nay chúng ta đã quên người bạn quyền năng đó? Hay chúng ta tưởng rằng mình đã không cần sự trợ giúp của ông nữa?"[36].

Dù Franklin có thể cuối cùng đã ủng hộ một nhóm Giáo hội Trưởng lão riêng biệt tại Philadelphia[37], không bao giờ có vẻ ông đã chính thức gia nhập bất kỳ một phái Thiên chúa giáo hay một tôn giáo nào khác.

Theo văn bia Franklin viết cho mình khi mới 20 tuổi, rõ ràng ông tin ở một sự hồi sinh vật chất của thân thể ở một khoảng thời gian nào đó sau cái chết. Dù việc niềm tin đó có theo ông cả đời khay không vẫn là điều chưa được biết[38]

Mười ba đức hạnh

Franklin đã hoàn thiện nhân cách bằng một kế hoạch gồm mười ba đức hạnh, mà ông đã khởi đầu theo đuổi từ tuổi 20 (năm 1726) và vẫn tiếp tục theo đuổi tới tận cuối cuộc đời. Trong tự truyện của mình (xem phần tham khảo dưới đây) ông đã liệt kê mười ba đức hạnh:

1. "Chừng mực. Ăn không tới chán; uống không quá nhiều."
2. "Yên lặng. Chỉ nói những điều mang lại lợi ích cho bạn và người khác; tránh những cuộc cà kê mất thì giờ."
3. "Trật tự. Hãy để mọi thứ của bạn đều có vị trí của chúng; hãy để mỗi phần công việc của bạn đều được thu xếp một khoảng thời gian."
4. "Kiên định. Quyết tâm làm điều bạn phải làm; làm bằng được điều bạn quyết tâm."
5. "Tiết kiệm. Không chi gì ngoài những thứ tốt cho bạn và người khác; ví dụ, không nên lãng phí thứ gì."
6. "Siêng năng. Không nên bỏ phí thời gian; luôn sử dụng chúng một cách hiệu quả; bỏ mọi hành động không cần thiết."
7. "Chân thật. Không nên lừa dối; hãy suy nghĩ một cách ngay thẳng và thành thật, và, nếu bạn nói, hãy nói điều bạn biết."
8. "Công bằng chính trực. Không làm hại người khác, giúp đỡ người khác là bổn phận của bản thân."
9. "Điều độ. Tránh những sự thái quá; cố chịu đựng tới mức bạn cho là đủ."
10. "Sạch sẽ. Không nên để sự không sạch sẽ hiện diện trên thân thể, quần áo hay nơi ở của bạn."
11. "Yên bình. Không nên quan tâm tới những điều vặt vãnh, hay những rủi ro thông thường hoặc không tránh được."
12. "Trinh tiết. Điều tiết sinh dục, đừng để làm tổn hại thân thể của mình hoặc an ninh hay danh dự của người khác."
13. "Khiêm tốn. Học theo Giêsu và Sokrates."